Кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории трансгенных препаратов НИИ экспериментальной диагностики и терапии опухолей
Москва
Moscow
Младший научный сотрудник лаборатории трансгенных препаратов НИИ экспериментальной диагностики и терапии опухолей
Москва
Moscow
Младший научный сотрудник лаборатории трансгенных препаратов НИИ экспериментальной диагностики и терапии опухолей
Москва
Moscow
Кандидат биологических наук, заведующая лабораторией трансгенных препаратов, директор НИИ экспериментальной диагностики и терапии опухолей
Москва
Moscow
Цель. Апробирование набора COrDIS (Гордиз, Россия) для подтверждения подлинности клеточных линий Биоресурсной коллекции ФГБУ "НМИЦ онкологии им. Н. Н. Блохина" Минздрава России методом профилирования на основе коротких тандемных повторов.
Материал и методы. Выбранный метод зарекомендовал себя в качестве надежного и воспроизводимого варианта. При таком подходе ряд полиморфных коротких тандемных повторов STR (short tandem repeat)-локусов амплифицируется с использованием коммерчески доступных наборов праймеров. Продукты полимеразной цепной реакции (ПЦР) анализируются одновременно со стандартами размера с использованием автоматических методов флуоресцентного обнаружения. Результаты предоставляются в виде простого числового кода, соответствующего длинам продуктов ПЦР, амплифицированных в каждом локусе. Применяя этот метод к клеточным линиям, лаборатория может, как проверить подлинность коммерческих клеточных линий, так и сформировать базу данных своих линий. В работе использовали набор отечественного производителя COrDIS "ЭКСПЕРТ 26" (Гордиз, Россия), валидированный для молекулярно-генетической идентификации личности на основе мультиплексного ПЦР-анализа 26-ти высоко-полиморфных локусов геномной дезоксирибонуклеиновой кислоты человека. Анализ результатов ПЦР проводили методом капиллярного электрофореза с использованием автоматического генетического анализатора с лазер-индуцированной флуоресцентной детекцией (Applied Biosystems 3500xL).
Результаты. При апробации метода проведено профилирование 37 клеточных линий, из которых 18 анонсированы в международных базах данных и 19 уникальных, полученных в ФГБУ "НМИЦ онкологии им. Н. Н. Блохина" Минздрава России, а также смеси клеточных линий с целью определения пределов выявления контаминации. Полученные результаты показали соответствие профилей коммерческих клеточных линий с данными в международных базах. В рамках данной работы были получены профили уникальных линий и заложено начало собственной генетической базы биоресурсной коллекции. Исследования на выявление предела обнаружения контаминации другой линией показали, что при содержании в общем пуле даже 4% культуры-контаминанта удается выявить ее отдельные аллели.
Заключение. Полученные результаты свидетельствуют о возможности использования метода для идентификации образцов коллекции и обнаружения внутривидовой контаминации.
Aim. To approve the COrDIS kit (Gordiz, Russia) for the authenticity of cell lines from the Bioresource Collection of the N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology by the short tandem repeat (STR) profiling.
Material and methods. The chosen method proved to be a reliable and reproducible option. With this approach, a number of polymorphic STR loci are amplified using commercially available primer sets. Polymerase chain reaction (PCR) products are analyzed simultaneously with size standards using automated fluorescent detection methods. The results are presented as a simple number code corresponding to the lengths of the PCR products amplified at each locus. By applying this method to cell lines, the laboratory can both authenticate commercial cell lines and build a database of their lines. In the work, we used the COrDIS EXPERT 26 kit (Gordiz, Russia), validated for molecular genetic identification of personality based on multiplex PCR analysis of 26 highly polymorphic loci of human genomic deoxyribonucleic acid. PCR results were analyzed by capillary electrophoresis using an automatic genetic analyzer with laser-induced fluorescence detection (Applied Biosystems 3500xL).
Results. When testing the method, profiling of 37 cell lines was carried out, of which 18 were announced in international databases and 19 were unique, obtained at the N. N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, as well as a cell line mixture in order to determine the limits of contamination detection. The obtained results showed the correspondence of commercial cell lines with the data in international databases. Within the framework of this work, profiles of unique lines were obtained and the foundation of own genetic database was laid. Studies to identify the limit of contamination detection by another line have shown that even 4% of the contaminant culture in the total pool can be used to identify its individual alleles.
Conclusion. The results obtained indicate the possibility of using the method to identify samples of the collection and detect intraspecific contamination.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.