Биобанк как ключевой компонент сопровождения научных исследований во фтизиатрии и инфектологии
https://doi.org/10.15829/1728-8800-2021-3084
Аннотация
Проведение фундаментальных и клинических исследований в области туберкулеза является важным этапом на пути к снижению показателей заболеваемости и смертности от этой инфекции, однако доступ к достаточному количеству качественных паспортизованных образцов, необходимых для проведения исследований, является нерешенной проблемой отечественной фтизиатрии. Настоящий обзор посвящен теме биобанкирования, как ключевого компонента современных исследований в области персонализированной медицины, а также вопросам состояния и перспектив развития этого направления во фтизиатрии и сочетанной с туберкулезом инфекционной патологии.
При поддержке: Работа выполнена в рамках государственного задания, рег. № НИОКТР АААА-А18-П8072390015-9
Об авторах
Т. В. Умпелева
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний Минздрава России
Россия
Россия
Кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник отдела микробиологии и доклинических исследований.
Екатеринбург
Д. В. Вахрушева
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний Минздрава России
Россия
Россия
Кандидат биологических наук, заведующий отделом микробиологии и доклинических исследований.
Екатеринбург
С. Н. Скорняков
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний Минздрава России
Россия
Россия
Доктор медицинских наук, заведующий научно-клиническим отделом.
Екатеринбург
Список литературы
1. Loft S, Poulsen HE. Cancer risk and oxidative DNA damage in man. J Mol Med (Berl). 1996;74(6):297-312. doi: 10.1007/BF00207507.
2. Coppola L, Cianflone A, Grimaldi AM, et al. Biobanking in health care: evolution and future directions. J Transl Med. 2019;17(1):172. doi:10.1186/s12967-019-1922-3.
3. Garcia M, Downs J, Russell A, et al. Impact of biobanks on research outcomes in rare diseases: a systematic review. Orphanet J Rare Dis. 2018;13(1):202. doi:10.1186/s13023-018-0942-z.
4. Kinkorova J. Biobanks in the era of personalized medicine: objectives, challenges, and innovation: Overview. EPMA J. 2016;7(1):4. doi:10.1186/s13167-016-0053-7
5. Patil S, Majumdar B, Awan KH, et al. Cancer oriented biobanks: A comprehensive review. Oncol Rev. 2018;12(1):357 doi:10.4081/oncol.2018.357.
6. Sidorenkov G, Nagel J, Meijer C, et al. The OncoLifeS data-biobank for oncology: a comprehensive repository of clinical data, biological samples, and the patient’s perspective. J Transl Med. 2019;17(1):374. doi:10.1186/s12967-019-2122-x.
7. Hanif Z, Sufiyan N, Patel M, et al. Role of biobanks in transplantation. Ann Med Surg (Lond). 2018;28:30-3. doi:10.1016/j.amsu.2018.02.007
8. Mercuri A, Turchi S, Borghini A, et al. Nitrogen biobank for cardiovascular research. Curr Cardiol Rev. 2013;9(3):253-9. doi: 10.2174/1573403x113099990035.
9. Betsou F, Parida SK, Guillerm M. Infectious diseases biobanking as a catalyst towards personalized medicine: Mycobacterium tuberculosis paradigm. Tuberculosis (Edinb). 2011;91(6):524-32. doi:10.1016/j.tube.2011.07.006.
10. Brankovic I, Malogajski J, Morre SA. Biobanking and translation of human genetics and genomics for infectious diseases. Appl Transl Genom. 2014;3(2):30-5. doi: 10.1016/j.atg.2014.04.001.
11. Muller H, Dagher G, Loibner M, et al. Biobanks for life sciences and personalized medicine: importance of standardization, biosafety, biosecurity, and data management. Curr Opin Biotechnol. 2020;65:45-51. doi: 10.1016/j.copbio.2019.12.004.
12. Wood MR, Yu EA, Mehta S. The human microbiome in the fight against tuberculosis. Am J Trop Med Hyg. 2017;96(6):1274-84. doi:10.4269/ajtmh.16-0581.
13. ISBER Best Practices: Recommendations for repositories. LD Campbell (ed). 4th edition. ISBER. 2018:103.
14. Beuth Verlag. ISO 20387:2018-08 Biotechnology — Biobanking — General requirements for biobanking. 2018.
15. Capocasa M, Anagnostou P, D’Abramo F, et al. Samples and data accessibility in research biobanks: an explorative survey. Peer J. 2016;4:e1613. doi:10.7717/peerj.1613.
16. Doucet M, Becker KF, Bjorkman J, et al. Quality Matters: 2016 Annual conference of the national infrastructures for biobanking. Biopreserv Biobank. 2017;15(3):270-6. doi:10.1089/bio.2016.0053.
17. Ransohoff DF, Gourlay ML. Sources of bias in specimens for research about molecular markers for cancer. J Clin Oncol. 2010;28(4):698-704. doi:10.1200/JC0.2009.25.6065.
18. Ciaburri M, Napolitano M, Bravo E. Business planning in biobanking: How to implement a tool for sustainability. Biopreserv Biobank. 2017; 15(1):46-56. doi:10.1089/bio.2016.0045.
19. Драпкина О. М. Российская “Национальная ассоциация биобанков и специалистов по биобанкированию” — инструмент интеграции российских биобанков и повышения эффективности биомедицинских исследований. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(6):2757 doi:10.15829/1728-8800-2020-2757
20. Anisimov SV, Meshkov AN, Glotov AS, et al. National Association of Biobanks and Biobanking Specialists: New Community for Promoting Biobanking Ideas and Projects in Russia. Biopreservation and Biobanking. 2021;73-82. doi: 10.1089/bio.2020.0049.
21. Swanepoel C, Snyders C, Isaacs S, et al. Biomarker discovery for diagnosis and treatment of tuberculosis: a role for biobanking? J Biorepos Sci Appl Med. 2015;3(1):47-56. doi: 10.2147/BSAM.S64571.
22. Markedly Accelerating Research with Knowledge of Tuberculosis Biomarkers https://www.mark-tb.org/. (05 Okt 2021).
23. Нечаева О. Б. Эпидемическая ситуация по туберкулезу в России. Туберкулёз и болезни лёгких. 2018;96(8):15-24. doi:10.21292/2075-1230-2018-96-8-15-24.
24. Бурмистрова И. А., Самойлова А. Г., Тюлькова Т. Е. и др. Лекарственная устойчивость M. tuberculosis (исторические аспекты, современный уровень знаний). Туберкулёз и болезни лёгких. 2020;98(1):54-61. doi:10.21292/2075-1230-2020-98-1-54-61.
25. Mahomed S, Padayatchi N, Singh J, et al. Precision medicine in resistant Tuberculosis: Treat the correct patient, at the correct time, with the correct drug. J Infect. 2019;78(4):261-8. doi:10.1016/j.jinf.2019.03.006.
26. Нечаева О. Б. Социально значимые инфекционные заболевания, представляющие биологическую угрозу населению России. Туберкулёз и болезни лёгких. 2019;97( 11):7-17 doi:10.21292/2075-1230-2019-97-11-7-17
27. Гельберг И. С., Алексо Е. Н., Вольф С. Б. и др. Характеристика туберкулезного процесса с множественной лекарственной устойчивостью и эффективность его лечения у пациентов при наличии отягощающих факторов. Туберкулез и болезни легких. 2019;97(6):51-2. doi: 10.21292/2075-1230-2019-97-6-51-52.
28. Казимирова Н. Е., Артемьев А. М., Амирова З. Р. и др. Проблемы диагностики туберкулеза у пациентов с разной ко-морбидностью. Туберкулез и болезни легких. 2019;97(6):61-2. doi:10.21292/2075-1230-2019-97-6-61-62.
29. Бородулина Е. А., Вдоушкина Е. С., Кузнецова А. Н. и др. Особенности коморбидной патологии (ВИЧ/туберкулез) при летальных исходах. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2019; 11 (4):70-8. doi: 10.22328/2077-9828-2019-11-4-70-78.
30. Колпакова Т. А. Проблема коморбидности в клинике легочного туберкулеза. Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. 2011;2(78):48-51.
31. Rose R, Nolan DJ, Maidji E, et al. Eradication of HIV from tissue reservoirs: challenges for the cure. AIDS Res Hum Retroviruses. 2018;34(1):3-8. doi:10.1089/AID.2017.0072.
32. Denton PW, Sogaard OS, Tolstrup M. Impacts of HIV cure interventions on viral reservoirs in tissues. Front Microbiol. 2019;10:1956. doi:10.3389/fmicb.2019.01956.
33. Murray M, Nardell E. Molecular epidemiology of tuberculosis: achievements and challenges to current knowledge. Bull World Health Organ. 2002;80(6):477-82.
34. Pourostadi M, Rashedi J, Poor BM, et al. Tuberculosis control and role of molecular epidemiology studies in Iran: A Systematic Review. Tanaffos. 2017;16(3):190-200.
35. Talarico S, Silk B, Shaw B, Cilnis M. Whole-genome sequencing for investigation of recent TB transmission in the United States. A training module https://www.cdc.gov/tb/programs/genotyping/default.htm. (05 Okt 2021).
36. Vluggen C, Soetaert K, Groenen G, et al. Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis complex in Brussels, 20102013. PLoS One. 2017;12(2):e0172554. doi: 10.1371/journal.pone.0172554.
37. Mokrousov I, Vyazovaya A, Solovieva N, et al. Trends in molecular epidemiology of drug-resistant tuberculosis in Republic of Karelia, Russian Federation. BMC. Microbiol. 2015;15:279. doi:10.1186/s12866-015-0613-3.
38. Pasechnik O, Dymova MA, Stasenko VL, et al. Molecular & genetic characteristics of Mycobacterium tuberculosis strains circulating in the southern part of West Siberia. Indian J Med Res. 2017;146:49-55. doi:10.4103/ijmr.IJMR_162_16.
39. Sinkov V, Ogarkov O, Mokrousov I, et al. New epidemic cluster of pre-extensively drug resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis Ural family emerging in Eastern Europe. BMC Genomics. 2018;19:762. doi:10.1186/s12864-018-5162-3.
40. Umpeleva T, Belousova K, Golubeva L, et al. Molecular characteristics of Mycobacterium tuberculosis in the “closed” Russian town with limited population migration. Infect Genet Evol. 2020;79:104174. doi:10.1016/j.meegid.2020.104174.
41. Семененко Т. А., Ананьина Ю. В., Боев Б. В., Гинцбург А. Л. Банки биологических ресурсов в системе фундаментальных эпидемиологических и клинических исследований. Журнал “Вестник РАМН”. 2011;10:5-9.
Дополнительные файлы
Рецензия
Для цитирования:
Умпелева Т.В., Вахрушева Д.В., Скорняков С.Н. Биобанк как ключевой компонент сопровождения научных исследований во фтизиатрии и инфектологии. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(8):3084. https://doi.org/10.15829/1728-8800-2021-3084
For citation:
Umpeleva T.V., Vakhrusheva D.V., Skornyakov S.N. Biobank as a key component of supporting research in phthisiology and infectious diseases. Cardiovascular Therapy and Prevention. 2021;20(8):3084. (In Russ.) https://doi.org/10.15829/1728-8800-2021-3084
Просмотров:
421
Послать статью по эл. почте 
