Популяционно-нозологический исследовательский биобанк “НМИЦ ТПМ”: анализ коллекций биообразцов, принципы сбора и хранения информации
О. В. Копылова,
А. И. Ершова,
М. С. Покровская,
А. Н. Мешков,
И. А. Ефимова,
З. З. Серебрянская,
А. В. Блохина,
А. Л. Борисова,
В. А. Кондрацкая,
А. С. Лимонова,
С. А. Сметнев,
О. П. Скирко,
С. А. Шальнова,
В. А. Метельская,
А. В. Концевая,
О. М. Драпкина https://doi.org/10.15829/1728-8800-2021-3119
Аннотация
Цель. Анализ структуры клинических данных, а также принципов сбора и хранения ассоциированной информации биобанка Национального медицинского исследовательского центра терапии и профилактической медицины Минздрава России (НМИЦ ТПМ) (далее Биобанк).
Материал и методы. Анализ проведен с использованием имеющейся в Биобанке документации, а также применяемых в его работе баз данных. В работе представлены клинические данные о биообразцах, имеющихся в Биобанке на 18.08.2021г.
Результаты. На момент анализа в Биобанке находилось 373547 образцов, собранных от 54192 пациентов в рамках 37 научных проектов. В статье приведены результаты анализа представленности данных и количественной оценки наличия или отсутствия распространенных диагнозов в клинических проектах. Критически оценены подходы к документированию клинической информации, ассоциированной с сохраняемыми в биобанке биологическими образцами, обоснованы используемые методы и инструменты стандартизации и автоматизации этих процессов, применяемые в биобанке НМИЦТПМ.
Заключение. Биобанк НМИЦ ТПМ — это крупнейший научно-исследовательский биобанк в России, который отвечает всем современным международным требованиям и является одной из ключевых структур, повышающих качество научно-медицинских исследований и интенсифицирующих их проведение как в рамках одного центра, так и в сотрудничестве с другими биобанками и научными учреждениями. Сбор и систематизированное хранение клинических аннотаций биообразцов является неотъемлемой и важнейшей частью работы Биобанка.
Ключевые слова
При поддержке: Выражаем признательность и благодарность за совместную работу по созданию коллекций биообразцов авторам и исполнителям научных проектов: Александрову А. А., Андреенко Е. Ю., Антипушиной Д. Н., БашнякВ. С., Бернс С. А., Бочкаревой Е. В., Брутяну А. А., Бутиной Е. К., Васильеву Д. К., Веретенниковой А. В., Ворониной В. П., Горшкову А. Ю., Давтя-ну К. В., Диндиковой В. А., Дмитриевой Н. А., Долудину Ю. В., Елиашевич С. О., Жаткиной М. В., Зятенковой Е. В., Ивановой А. А., Кабуровой А. Н., Колчиной М. А., Королеву А. И., Косма-товой О. В., Кудрявцевой М. М., Куликовой О. В., Курехян А. С., Лавреновой Е. А., Лерман О. В., Лукьянову М. М., Маковеевой А. Н., Мингалимовой А. Р., Молчановой О. В., Мясникову Р. П., Окши-ной Е. Ю., Погосовой Н. В., Пяцкой А. В., Салбиевой А. О., Сердюк С. Е., Скрипниковой И. А., Смирновой М. И., Смирнову А. А., Федоровичу А. А., Фещенко Д. А., Фомичевой Е. И., ЧугуновуИ. А., Шепелю Р. Н., Шептулиной А. Ф., Явелову И. С., Яралиевой Э. К., Ярмедовой С. Ф., Яфаровой А. А.
Об авторах
О. В. Копылова
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Оксана Викторовна Копылова — научный сотрудник лаборатории клиномики.
Москва. Тел.: +7 (926) 178-63-58
А. И. Ершова
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Александра Игоревна Ершова — руководитель лаборатории клиномики, кандидат медицинских наук.
Москва
М. С. Покровская
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Мария Сергеевна Покровская — кандидат биологических наук, руководитель лаборатории Банк биологического материала.
Москва
А. Н. Мешков
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Алексей Николаевич Мешков — кандидат медицинских наук, руководитель лаборатории молекулярной генетики.
Москва
И. А. Ефимова
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Ирина Александровна Ефимова — ведущий эксперт лаборатории Банк биологического материала.
Москва
З. З. Серебрянская
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Зарина Зитоселовна Серебрянская — лаборант лаборатории Банк биологического материала.
Москва
А. В. Блохина
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Анастасия Викторовна Блохина — младший научный сотрудник лаборатории клиномики.
Москва
А. Л. Борисова
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Анна Львовна Борисова — ведущий инженер лаборатории Банк биологического материала.
Москва
В. А. Кондрацкая
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Виктория Александровна Кондрацкая — младший научный сотрудник лаборатории Банк биологического материала.
Москва
А. С. Лимонова
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Алена Сергеевна Лимонова — младший научный сотрудник лаборатории клиномики.
Москва
С. А. Сметнев
ФГБУ «НМИЦ ТПМ» Минздрава России
Россия
Россия
Степан Александрович Сметнев — лаборант-исследователь лаборатории молекулярной генетики.
Москва
О. П. Скирко
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Ольга Петровна Скирко — младший научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики.
Москва
С. А. Шальнова
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Светлана Анатольевна Шальнова — доктор медицинских наук, профессор, руководитель отдела эпидемиологии хронических неинфекционных заболеваний.
Москва
В. А. Метельская
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Виктория Алексеевна Метельская — доктор биологических наук, профессор, главный научный сотрудник, руководитель отдела биохимических маркеров риска хронических неинфекционных заболеваний.
Москва
А. В. Концевая
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Анна Васильевна Концевая — доктор медицинских наук, доцент, зам. директора по научной и аналитической работе.
Москва
О. М. Драпкина
ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России
Россия
Россия
Оксана Михайловна Драпкина — доктор медицинских наук, профессор, член-корр. РАН, директор, руководитель отдела фундаментальных прикладных аспектов ожирения.
Москва
Список литературы
1. Loft S, Poulsen HE. Cancer risk and oxidative DNA damage in man. J Mol Med. 1996;74(6):297-312. doi:10.1007/BF00207507.
2. Hewitt R, Watson P. Defining biobank. Biopreserv Biobank. 2013;11(5):309-15. doi:10.1089/bio.2013.0042.
3. NHMRC. National Health and Medical Research Council “Biobanks information paper”. Canberra. 2010. https://www.nhmrc.gov.au/sites/default/files/documents/attachments/Biobanks-information-paper-2010.pdf (28 October 2021).
4. Creation and Governance of Human Genetic Research Databases. Paris: OECD, 2006. 159 p. doi:10.1787/9789264028531-en.
5. Михайлова А. А., Насыхова Ю. А., Муравьев А. И. и др. На пути к созданию общего глоссария биобанков Российской Федерации. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(6):2710. doi:10.15829/1728-8800-2020-2710.
6. ISO-ISO 20387:2018-Biotechnology — Biobanking — General requirements for biobanking. https://www.iso.org/standard/67888.html. (28 October 2021).
7. Борисова А. Л., Покровская М. С., Мешков А. Н. и др. Стандарт по биобанкированию ISO 20387 Анализ требований и опыт внедрения. Клиническая и лабораторная диагностика. 2020;65(9):587-92. doi: 10.18821/0869-2084-2020-65-9-587-592.
8. Pokrovskaya MS, Sivakova OV, Efimova IA, et al. Biobanking as a necessary tool for research in the field of personalized medicine in the scientific medical center. Pers Med. 2019;16(6):5019. doi:10.2217/pme20190049.
9. Moore HM, Kelly A, Jewell SD, et al. Biospecimen Reporting for Improved Study Quality. Biopreserv Biobank. 2011;9(1):5770. doi:10.1089/bio.2010.0036.
10. Müller H, Dagher G, Loibner M, et al. Biobanks for life sciences and personalized medicine: importance of standardization, biosafety, biosecurity, and data management. Curr Opin Biotechnol. 2020;65:4551. doi:10.1016/j.copbio.2019.12.004.
11. Annaratone L, Palma GD, Bonizzi G, et al. Basic principles of biobanking: from biological samples to precision medicine for patients. Virchows Arch. 2021;479(2):233. doi:10.1007/s00428021031510.
12. Долудин Ю. В., Борисова А. Л., Покровская М. С. и др. Современные передовые практики и рекомендации по биобанкированию. Клиническая и лабораторная диагностика. 2019;64(12):76976. doi:6710.18821/0869208420196412769776.
13. Biobanks for Europe — Publications Office of the EU. Brussels: European Commission; 2012. 72 p. https://op.europa.eu/en/publicationdetail//publication/629eae1053fc4a52adc2210d4fcad8f2. ISBN 9789279228582. doi:10.2777/68942 (28 October 2021).
14. Harati MD, Williams RR, Movassaghi M, et al. An introduction to starting a biobank. Methods Mol Biol. 2019;1897:7-16. doi:10.1007/978-1-4939-8935-5_2.
15. Campbell LD, Astrin JJ, DeSouza Y, et al. The 2018 Revision of the ISBER Best Practices: Summary of Changes and the Editorial Team’s Development Process. Biopreserv Biobank. 2018;16(1):3-6. doi:10.1089/bio.2018.0001.
16. Бойцов С. А., Драпкина О. М., Шляхто Е. В. и др. Исследование ЭССЕ-РФ (Эпидемиология сердечно-сосудистых заболеваний и их факторов риска в регионах Российской Федерации). Десять лет спустя. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(5):3007 doi:10.15829/1728-8800-2021-3007
17. Покровская М. С., Борисова А. Л., Метельская В. А. и др. Роль биобанкирования в организации крупномасштабных эпидемиологических исследований. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(5):2958. doi: 10.15829/1728-8800-2021-2958.
18. Сивакова О. В., Покровская М. С., Ефимова И. А. и др. Контроль качества образцов сыворотки и плазмы крови для научных исследований. Профилактическая медицина. 2019;22(5):91-7 doi:10.17116/profmed20192205191.
19. Сивакова О. В., Покровская М. С., Метельская В. А., и др. Международные правила описания биообразцов — важный фактор повышения качества научных исследований. Профилактическая медицина. 2019;22(6):95. doi: 10.17116/profmed20192206295.
20. Begley CG, Ellis LM. Raise standards for preclinical cancer research. Nature. 2012;483(7391):531-3. doi:10.1038/483531a.
21. Prinz F, Schlange T, Asadullah K. Believe it or not: how much can we rely on published data on potential drug targets? Nat Rev Drug Discov. 2011; 10(9):712-2. doi:10.1038/nrd3439-c1.
22. Manders P, Peters TMA, Siezen AE, et al. A Stepwise Procedure to Define a Data Collection Framework for a Clinical Biobank. Biopreserv Biobank. 2018;16(2):138-47 doi:10.1089/bio.2017.0084.
23. EGISZ (In Russ.) ЕГИСЗ. https://egisz.rosminzdrav.ru/. (28 October 2021).
24. Paskal W, Paskal AM, D^bski T, et al. Aspects of Modern Biobank Activity — Comprehensive Review. 2018;24(4):771-85. doi:10.1007/s12253-018-0418-4.
25. Hutchinson E. Towards individualized cancer therapy: Challenges and prospects. Mol Oncol. 2014;8(1): 1-8. doi:10.1016/j.molonc.201312.008.
26. Ramensky VE, Ershova AI, Zaicenoka M, et al. Targeted Sequencing of 242 Clinically Important Genes in the Russian Population From the Ivanovo Region. Front Genet. 2021;12:709419. doi:10.3389/fgene.2021.709419.
27. Meshkov A, Ershova A, Kiseleva A, et al. The LDLR, APOB, and PCSK9 variants of index patients with familial hypercholesterolemia in Russia. Genes (Basel). 2021; 12(1):1-17 doi:10.3390/genes12010066.
28. Kiseleva A, Klimushina M, Sotnikova E, et al. Cystic Fibrosis Polymorphic Variants in a Russian Population. Pharmgenomics. Pers Med. 2020;13:679-86. doi:10.2147/PGPM.S278806.
29. Kiseleva AV, Klimushina MV, Sotnikova EA, et al. A Data-Driven Approach to Carrier Screening for Common Recessive Diseases. J Pers Med. 2020;10(3):140. doi:10.3390/jpm10030140.
30. Gumanova NG, Gavrilova NE, Chernushevich OI, et al. Ratios of leptin to insulin and adiponectin to endothelin are sex-dependently associated with extent of coronary atherosclerosis. Biomarkers. 2017;22(3-4):239-45. doi: 10.1080/1354750X.2016.1201539.
31. Метельская В. А., Гаврилова Н. Е., Гуманова Н. Г. и др. Комбинация визуальных и метаболических маркеров в оценке вероятности наличия и выраженности атеросклероза коронарных артерий. Кардиология. 2016;56(7):47-53. doi: 10.18565/cardio.2016.7.47-53.
32. Smetnev S, Klimushina M, Kutsenko V, et al. Associations of SNPs of the ADIPOQ gene with serum adiponectin levels, unstable angina, and coronary artery disease. Biomolecules. 2019;9(10):537 doi:10.3390/biom9100537
33. Barbitoff YA, Serebryakova EA, Nasykhova YA, et al. Identification of Novel Candidate Markers of Type 2 Diabetes and Obesity in Russia by Exome Sequencing with a Limited Sample Size. Genes (Basel). 2018;9(8):415. doi:10.3390/genes9080415.
34. Драпкина ОМ. Российская “Национальная ассоциация биобанков и специалистов по биобанкированию” — инструмент интеграции российских биобанков и повышения эффективности биомедицинских исследований. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(6):2757 doi:10.15829/1728-8800-2020-2757.
35. About the association — NASBIO. (In Russ.) Об ассоциации — НАСБИО. http://nasbio.ru/about_us/ob-assocziaczii.html. (28 October 2021).
Дополнительные файлы
Рецензия
Для цитирования:
Копылова О.В., Ершова А.И., Покровская М.С., Мешков А.Н., Ефимова И.А., Серебрянская З.З., Блохина А.В., Борисова А.Л., Кондрацкая В.А., Лимонова А.С., Сметнев С.А., Скирко О.П., Шальнова С.А., Метельская В.А., Концевая А.В., Драпкина О.М. Популяционно-нозологический исследовательский биобанк “НМИЦ ТПМ”: анализ коллекций биообразцов, принципы сбора и хранения информации. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(8):3119. https://doi.org/10.15829/1728-8800-2021-3119
For citation:
Kopylova O.V., Ershova A.I., Pokrovskaya M.S., Meshkov A.N., Efimova I.A., Serebryanskaya Z.Z., Blokhina A.V., Borisova A.L., Kondratskaya V.A., Limonova A.S., Smetnev S.А., Skirko O.P., Shalnova S.А., Metelskaya V.A., Kontsevaya A.V., Drapkina O.M. Population-nosological research biobank of the National Medical Research Center for Therapy and Preventive Medicine: analysis of biosamples, principles of collecting and storing information. Cardiovascular Therapy and Prevention. 2021;20(8):3119. (In Russ.) https://doi.org/10.15829/1728-8800-2021-3119
Просмотров:
632
Послать статью по эл. почте 
